אחרי שהסטייג' הראשון בדקאר בוטל בגלל מזג אוויר סוער, גם בסטייג' השני בוטל מקטע בשל אותה הסיבה. הסטייג' השני מווילה קרלוס פז לטרמס ריו הונדו שאורכו המצטבר כ-800 ק"מ מאופיין בתוואי שטח קל למדי של שבילים מהירים. אורך הספיישל 450 ק"מ מ לאופנועים וטרקטורונים ו-510 ק"מ למכוניות ומשאיות, אך כאמור בשל תנאי מזג האוויר הקשים החליטו המארגנים לבטל את חלקו האחרון של הספיישל ולעצור אותו בנקודת הביקורת הרביעית מתוך 6. כך יצא שהרוכבים התחרו בכ-350 ק"מ בלבד, כשכל השאר קטעי קישור.
המנצח הראשון של דקאר 2016 הוא טובי פרייס האוסטרלי (ק.ט.מ מס' 3). זהו הניצחון השני של הרוכב הרשמי של ק.ט.מ בסטייג' בדקאר אחרי שניצח סטייג' בשנה שעברה. הוא עשה זאת ברכיבה מהירה וחלקה כשהוא מסיים את הספיישל ב-3:46:24 ש'.
2 שניות בלבד אחריו הגיע רוכב הוסקוורנה, הפורטוגזי רובן פאריה (8), שהדביק פער בן 3 דקות מהספרדי חואן ברדה (הונדה מס' 6) ורכב איתו צמוד במהלך רוב הספיישל. ברדה, אחד הפייבוריטים הרציניים לזכות השנה בדקאר, סיים שביעי בלבד, 3:22 אחרי המנצח.
שלישי היום הגיע סטפן סביטקו הסלובקי (ק.ט.מ מס' 5), שהופך שחקן משמעותי בראלי הדקאר, ורביעי אליין דוקלו הצרפתי על השרקו מס' 20, שנתן רכיבה מצוינת היום ובהחלט יכול להיות מרוצה. מתיאס וולקנר (ק.ט.מ מס' 14), אלוף הראלי-רייד לעונת 2015, הגיע חמישי, 2 דקות בדיוק אחרי המנצח, ושישי הגיע פאולו גונקלבס (הונדה מס' 2), בן קבוצתו של ברדה ואחד השחקנים החזקים על השדה.
לאיה סאנז הספרדייה (ק.ט.מ מס' 12) מסיימת היום במקום ה-19 המכובד, 10:34 דק' אחרי מנצח הסטייג'.
בסך הכל אלו גישושים של התחלה, ימים לא קשים ביחס לקושי האמיתי של הדקאר, כך שלא ניתן לראות עדיין מגמות כאלו ואחרות. מחר בסטייג' השלישי מטרמס ריו הונדו לחוחוי יעברו הרוכבים והנהגים מסלול זהה בן 664 ק"מ, שמתוכו ספיישל בן 314 ק"מ. תוואי הספיישל עדיין מורכב ברובו משבילים מהירים, אולם בחלקו השני נכנסים לשרשרת הרים ברום של עד 1,500 מ', שבהם השבילים יהיו מפותלים וטכניים יותר. עדייו מתחממים לקראת הקושי האמיתי.