בתחילת שנות ה-2000 המתחרים בקטגוריית הסופרספורט 600 סמ"ק החלו להרזות ולהתחזק, ולכן בקוואסאקי הגו פתרון לא שגרתי ובאו מול אופנועי ה-600 עם מנוע בנפח 636 סמ"ק.
על-מנת לנצח במלחמה צריך גם להשתמש באלמנט ההפתעה וגם באלמנט התחבולה, ובשנת 2003 השתמשו קוואסאקי בנינג'ה 600 הקטן והקרבי בדיוק בשביל זה. לפני כן נזכיר כי בשנת 1995 הטילה קוואסאקי פצצה בעולם אופנועי הספורט בכלל ובקטגוריית ה-600 בפרט, כאשר לאחר שנים של דגם ה-ZZR600 היותר תיירותי מספורטיבי, שייצג את היצרן הירוק בקטגוריית הספורט-תיור, הציגה קוואסאקי את ה-ZX-6R, או נינג'ה 600 כפי שכולם קראו לו. הנינג'ה היה הסמן הימני הקיצוני, הרדיקלי והספורטיבי, ולמעשה גרר את כל הקטגוריה אחריו.
אחרי הבום הראשוני המתחרים היפנים מגבירים את קצת ההתחמשות, ודגם 2000 עם מנוע של 109 כ"ס ומכלולי שלדה הכוללים זרוע ומתלה אחורי חדשים כבר אינו מצליח להוות תחרות להיסטריה סביב הימאהה YZF-R6 החדש וההונדה CBR600F4 שקיבל מהפך בחדר הכושר באותם השנים, ועם מודיעין שמביא שהוא תכף מוחלף ב-CBR600RR הרדיקלי לשנת 2003.
בקוואסאקי חייבים לספק חשיבה מחוץ לקופסה ולתקוף את הקטגוריה באיגוף אופרטיבי שיחזיר את הבכורה והכבוד לשם 'נינג'ה'. לשנת 2003 הם עושים זאת מול שאר אופנועי ה-600 ומגדילים את קדח הצילינדרים ב-2 מ"מ ל-68 מ"מ, כשהם משאירים את מהלך הבוכנה על 43.8 מ"מ. ראש הצילינדר יורד ב-10 מ"מ ומתווספים שסתומים קטנים יותר להגברת הלחץ. נפח המנוע המקורי של 599 הסמ"ק מטפס כעת ל-636 סמ"ק. מערכת הזרקת דלק מתקדמת (לאותן השנים) מחליפה את ארבעת הקרבורטורים ומאפשרת ל-117 כוחות הסוס ב-12,500 סל"ד להגיע מעט מוקדם יותר בקשת הסל"ד עם מומנט מוגדל ל-7 קג"מ ב-12,000 סל"ד. כמובן שמערכת הראם אייר המפורסמת של קוואסאקי נשארה, והמשיכה להוסיף כ-5% להספק המרבי במהירויות גבוהות (מעל 200 קמ"ש) כתוצאה ממינוף לחץ האוויר הדינמי בתור סוג של נשימה מתוגברת.
הנינג'ה גם הביא איתו את המזלג ההפוך הראשון בקטגוריה, עם קאיאבה מוזהב בקוטר 41 מ"מ שמתגבר את שלדת האלומיניום ומביאה מעולם המרוצים קליפרים רדיאלים של טוקיקו (Tokico) שמספקים יותר יכולות בלימה תחת עומס לצמד הדיסקים מלפנים שהיו בקוטר של 280 מ"מ. המשקל יורד אל 161 ק"ג קלילים. העיצוב מתחדד וגוון הירוק הופך להיות בהיר יותר וחלק כמעט לגמרי.
המהלך של הגדלת הנפח יצר כצפוי בלבול והכעיס את אוהדי היצרנים האחרים על-כך שבקוואסאקי לא משחקים לפי הכללים הנהוגים, כי מי בא למשחק כדורגל ומציב 12 שחקנים מול ה-11 של היריב. בעוד שבשוק האזרחי התחבולה הזאת הייתה לגיטימית, לתחום המסלול קוואסאקי נאלצו להשאיר את הנפח המקורי – 599 סמ"ק – ולשם כך הציגו במקביל את ה-ZX-6RR כגרסת ההומולוגציה.
הנינג'ה התקבל בהתלהבות והערכה, כי כולם אוהבים לראות מכות בין אחרים, זאת עד שעלה על הכביש הציבורי והתגלה כחתיכת קרש גיהוץ ששובר עצמות, וגם מתקשה בתמרוני רחוב פשוטים בגלל צידוד כידון מוגבל. ההיגוי של החלק הקדמי התברר גם כעצבני מאוד ודרש התקנת משכך היגוי תחליפי. מעבר לכך, ובתנאים חלקים כמו של מסלול מרוצים לדוגמה, הוא היה נינג'ה מושחז עם מנוע מעולה ובשרני יותר, התנהגות קרבית ומראה שמגבה את זה.
מרוץ החימוש המשיך בשנת 2005, כאשר יכולות המנוע שודרגו עם 131 כ"ס ב-14,000 סל"ד ומומנט שגדל ב-0.1 קג"מ והגיע 500 סל"ד גבוה יותר, ואפשרו מהירות מרבית של 274 קמ"ש. הבולמים רוככו עם המעבר לשוואה מלפנים במקום קאיאבה, הבלמים שודרגו, התווסף מצמד מחליק למניעת נעילת הגלגל האחורי תחת הורדת הילוכים מהירה לפני פנייה, והעיצוב המשיך להשתדרג עם המעבר של המפלט היחיד אל מתחת למושב האחורי. ההתנהגות בכביש ובמסלול השתדרגה פלאים, למרות תוספת של 3 ק"ג למשקל, ושמה את הנינג'ה במקום ראוי להתחרות עם האחרים.
לאחר שנתיים של הגרסה הזאת ו-4 שנים בסך הכל עם הנפח החריג בקטגוריה, חזרו בקוואסאקי בשנת 2007 לנפח המקורי שהתחיל את הכל. המכירות פשוט לא הצדיקו את החשיבה המיוחדת והשונה. הגרסה האחרונה, אותה בחנו בשנת 2019, סיימה את תפקידה בשנת 2021, כאשר לשנת 2023 החזירו בקוואסאקי את ה-ZX-6R לאולמות התצוגה תוך התאמת המנוע לתקנות יורו 5 לפליטת מזהמים ושדרוגי אלקטרוניקה.