מול הכוכב העולה של שנת 1993 מבית הונדה, ה-CBR900RR, הציבו הירוקים של קוואסאקי את ה-ZX-9R, הנינג'ה שאמור היה להיות יותר חזק, יותר מהיר ויותר טוב מהפיירבלייד.
ההונדה CBR900RR המקורי של 1993 עשה מהפכה של ממש בתחום אופנועי הספורט באותה התקופה. זה לא רק המנוע החזק ויחס ההספק למשקל הדמיוניים לאותה תקופה שהפיירבלייד הציע. זו גם ההתנהגות הקיצונית, יש יאמרו קיצונית מדי, שנבעה בין היתר מגלגל קדמי בקוטר "16 ובסיס גלגלים קצרצר. כדי לשלוט על הפיירבלייד היית צריך להיות רוכב איכותי ומנוסה, ולא מעט רוכבים הוכשו ונבעטו מהפיירבלייד – שהיה פשוט גדול עליהם. גם העיצוב נחשב פורץ דרך ונועז. למה אנחנו מזכירים אותו? כי כולם באותה התקופה רצו לקנות אותו ורצו להיות כמוהו. חזק וטוב יותר מדגמי ה-750 וקל וטוב יותר מדגמי ה-1,000.
לקוואסאקי היה בארסנל את ה-ZX-7R הטוב, אבל לא טוב מספיק מול הפיירבלייד, וגם את ה-ZZR1100 המהיר, אבל שהיה גדול מדי בשביל להיחשב כאופנוע ספורט. לכן בשנת 1994 הציגו בקוואסאקי את הצד שלהם בסיפור מרוץ החימוש של שנות ה-90. הדגם המקורי (דגם B בקודים של קוואסאקי – בתמונה בראש הידיעה) הציע מנוע ארבעה צילינדרים בשורה בנפח 899 סמ"ק מקורר נוזל, בעל גל-זיזים עילי כפול ו-16 שסתומים, אשר מוזן דרך קרבורטורים של קייהין. הדור הראשון הציג יותר כוח מהפיירבלייד (125 כ"ס – אם כי יש מקורות שגרסו שהיה לו קצת יותר – לעומת 122 כ"ס בהונדה) וגובה גם על-ידי מערכת הראם-אייר המפורסמת, אשר לטענת היצרנית מוסיפה כ-5% להספק המרבי במהירויות גבוהות מאוד, כתוצאה ממינוף לחץ האוויר הדינמי בתור סוג של נשימה מתוגברת. אך הבעיה העיקרית הייתה משקל גבוה יותר (215 ק"ג – כמעט 30 ק"ג יותר מההונדה). לנינג'ה היה גלגל קדמי במידה סטנדרטית של 17″ ומזלג קדמי הפוך בקוטר 43 מ"מ של קאיאבה. למגינת ליבם של קוואסאקי, הדור הראשון נחשב יותר מתון, ואפילו תיורי, בגלל מנח ישיבה גבוה יותר מאשר ההוא מהאדומים, אך בכל זאת, ה-ZX-9R היה אופנוע טוב בפני עצמו. עד ל-1998 נעשו מספר שינויים בבולם האחורי לשיפור ההתנהגות, והבלמים הוחלפו לחזקים יותר.
בשנת 1998 בוצע מהפך, אשר התבטא בראש ובראשונה במשקל מופחת שירד אל 183 ק"ג יבשים. המנוע עבר סדרת שינויים אשר חיזקו אותו והעלו את ההספק לכיוון ה-140 כ"ס ב-11,000 סל"ד, בסיס הגלגלים הצטמצם ב-30 מ"מ, ונעשו שינויים בבולמים לשיפור ההתנהגות – כולל מעבר למזלג קונבנציונאלי בקוטר של 46 מ"מ. מצד אחד בהונדה החלו למתן קלות את הפיירבלייד ולהעמיס עליו מעט יותר משקל, אבל מהצד השני ימאהה הציגו את ה-YZF-R1 פורץ הדרך, ושוב קוואסאקי מצאו את עצמם בצילו של יצרן אחר. עם זאת, לדעת הבוחנים באותה תקופה, דגם ה-C של 1998 היה אופנוע טוב יותר מקודמו ואופנוע ספורט טוב בפני עצמו.
בשנת 2000 הוצג דגם E, שהציג צמד פנסים בחזית, יחס דחיסה גדול יותר ועוד כמה כוחות סוס למנוע. הושם דגש על חידוד ההתנהגות, וזה הושג על-ידי הקשחת השלדה. בשנתיים האחרונות של הנינג'ה 9 הוצגו שינויי עיצוב מינימליים בחלקו האחורי, שוב הקשחת שילדה, מערכת בלימה שונה מלפנים ושיפור הכוח בסל"ד בינוני.
הקוואסאקי ZX-9R הגיע כמובן לישראל, אך כמו בשאר העולם תמיד חסה בצל הג'יקסר 750 הקטן יותר, הפיירבלייד הקיצוני יותר וה-R1 החד יותר. בסך הכל הוא היה אופנוע טוב מאוד שידע להפגין ביצועים טובים מאוד בקו ישר ובפניות, אבל תמיד הפסיד בקרב מגזיני האופנועים או בדעת הקהל. בשנת 2004 הוא הוחלף בנינג'ה 10, ה-ZX-10R, שיישר קו מול המתחרים ואף ניצח אותם בקרב הפופלריות, המבחנים והמרוצים.